W 1740 r. Prusy, w których panował Fryderyk II, wkraczają na Śląsk i po dwóch miesiącach walk z Austriakami – zajmują go. Tzw. I wojna śląska kończy się w 1742 r. zawarciem pokoju między walczącymi stronami we Wrocławiu. Na jego podstawie Śląsk i hrabstwo kłodzkie przypadają Prusom. Oznaczało to, że i mieszkańcy Niwisk znaleźli się pod panowaniem pruskiej administracji.

O Niwiskach – jak pisze prof. Jerzy Piotr Majchrzak - głośno było w 1794 r., kiedy to pod wpływem wydarzeń w Polsce (Powstanie Kościuszkowskie) chłopstwo w Niwiskach ruszyło do walki z miejscowym szlachectwem. Wieś należała wówczas do Hansa Friedricha von Schweinitz. Powstanie ogarnęło wiele miejscowości w dawnym powiecie żagańskim i zielonogórskim, jednak zostało krwawo stłumione przez wojska pruskie. Przywódców rewolty pojmano i powieszono. W czasie tych wydarzeń pałac hrabiowski w Niwiskach został zdobyty szturmem przez zdesperowanych chłopów i częściowo zdewastowany.

W okresie napoleońskim w Niwiskach – zarówno w pałacu i folwarku – stacjonowali żołnierze francuscy.